Aan het einde van de laatste ijstijd stijgt het waterniveau in de Maas en de Rijn door het smeltend ijs. Het water zoekt steeds nieuwe lopen om al het water te kunnen verwerken. Langs die stroom beddingen worden zand, slib en grind afgezet. In het drassige en laaggele gen Land van Altena ontstaan zo rivier duinen die bewoning mogelijk maken. 

Een klein aantal jagers en vissers van het Vlaardinger volk trekt 3000 jaar voor Chr. ´s zomers naar een donk langs de ‘Wijde Alm’ om van daaruit te jagen en te vissen in het moerassige gebied. Het is in onze regio daarmee de plaats met de oudste bewoning. Bo demvondsten maken het aannemelijk dat er 500 jaar later sprake is van per manente bewoning. 

In de Romeinse tijd doen de Romeinen Waardhuizen aan. Zij verblijven hier zeker in de 2e eeuw. Daarna nemen Germaanse stammen Waardhuizen in bezit. In de Karolingische periode ontstaat de Heerlijkheid Waardhuizen. 

Waardhuizen is eerst gelegen op een heuvel langs het water van de Alm. Het heuveltje met daarop de begraafplaats geeft waarschijnlijk de ligging aan. De naam Werthuijsen komen we voor het eerst tegen in 1292.

Wert of Waard is een stuk land dat gelegen is langs het water. Rond 1421 verplaatst men het dorp naar de Stenenheul. Vandaaruit groeit het uit tot het huidige dorp. Op de terp waar oud Waardhuizen lag, heeft een kerkje gestaan dat in 1750 nog gerestaureerd is, omdat het vervallen was. Rond 1840 is het weer gesloopt. 

Na de Franse tijd worden de heerlijkheden samengevoegd tot gemeenten. In 1879 ontstaat de gemeente Almkerk uit de heerlijkheden Uitwijk, Waardhuizen en Emmickhoven. In 1973 werd Waard huizen onderdeel van de gemeente Woudrichem. Sinds 1 januari 2019 is Waardhuizen één van de vijftien kernen van de gemeente Altena.